Слишком агрессивная реклама на сайте чревата негативными последствиями. Во-первых, пользователям будет неприятно пребывать на сайте, увешанном баннерами или тем более попапами. Во-вторых, поисковые системы не будут высоко ранжировать (а то и вообще забанят) сайты, созданные специально для размещения рекламы. Реклама должна быть, по возможности, тематической, ненавязчивой и уместной. Пример неуместной рекламы – «Бегун» размещает контекстные ссылки прямо в статье, реклама «всплывает» при наведении курсора на слово. И часто бывает, что в статьях про трагические случаи бывает реклама развлекательных услуг, так как встретилось какое-то слово, выкупленное рекламодателем. Таких случаев надо стараться избегать.

Варианты монетизации (вкратце):
продажа ссылок. Оплата идет за время размещения текстовой ссылки, цена зависит, в основном, от Тиц сайта и Pr конкретной страницы. Продавать можно вручную или же, что удобнее, через автоматические системы типа сапы и линкфида. Главный плюс данного метода – относительная пассивность дохода (время тратится лишь на фильтрацию ссылок). Да и его можно совмещать со многими другими.
продажа мест под статьи. Вы предоставляете свой сайт для размещения рекламных статей со ссылками. Размещение может быть как временное (с оплатой за время), так и навсегда. Так же, как и ссылки, статьи можно продавать вручную и в автоматическом режиме. С одной стороны, хорошо, что сайт наполняется материалами. С другой же поступающие статьи нужно постоянно контролировать и не допускать некачественных текстов. Да и поисковикам может не понравиться сайт, где почти во всех статьях стоят ссылки. Поэтому старайтесь размещать таким образом, чтобы «продажные» статьи выглядели гармоничной частью сайта.
контекстная реклама. Что такое Google Adsense, думаю, знают все. Пожалуй, оптимальный способ монетизации сайтов со средней посещаемостью. Иногда бывает не просто не неприятен, а и полезен пользователям, так как реклама показывается тематическая. Не подходит для малопосещаемых сайтов.
партнерские программы. Размещаете на сайте ссылки на интернет-магазин и получаете процент с продаж. Посещаемость сайта должна быть довольно высокой и целевой, чтобы доход был ощутимым. Самый приятный для посетителей вид рекламы.
файлообменные сервисы. Многие из них платят за скачивание файлов пользователями. Платят мало, но если у вас на сайте много файлов, то доход может быть существенным, если вы выложите их на подобные обменники.
баннерная реклама. Самый выгодный вариант – размещение баннера прямого рекламодателя. Подходит для тематических сайтов с хорошей посещаемостью. Но зачастую бывает непросто найти хорошего рекламодателя.
тизеры. Разновидность баннерной рекламы, где вместе с баннером показывается текстовое описание. Тизеры лучше совмещать с другими методами, так как прибыть с них небольшая.
«джинса». Популярные блоги могут размещать рекламные статьи, стилизованные под обычные посты. Также блогеры могут размещать «постовые» - платные ссылки в конце каждого сообщения.
попапы, попандеры, ифреймы. Не буду рассказывать, что это такое, но использовать эти методы на серьезных сайтах не стоит. Это вызовет негативную реакцию как посетителей, так и поисковых систем.