Собственно когда возникает необходимость в таком выборе:

1. когда следует продвигать большое количество малосвязанных друг с
другом запросы (например - телевизоры, телефоны и т. п.). Можно их все
продвигать через главную страницу, но при большом количестве запросов
(желаемых) страница будет перегружена и не только визуально.

2. при необходимости продвижения большого количества запросов
связанных между собой (например виза в Чехию, виза в Швейцарию, виза в
Германию и т. п.)

3. когда кажется, что чтобы ни делал специалист (или "не очень"
специалист ),. но сайт по определённому запросу не поднимается выше
N-ого места

... и другое.

В качества примера приведу два простых примера из собственной
практики, которые многое прояснят.

Пример #1.
Сайт (фирма) предлагает услуги по "организации свадеб" (желаемый к
продвижению запрос). Главная страница по содержанию, логике и смыслу
прекрасно подходит для продвижения такого запроса. На главную страницу
сайта ссылаются очень много ресурсов (ТИЦ более 1500), есть простые
каталоги, а есть и серьёзные главные страницы других сайтов с желаемым
запросом в тексте ссылок.

По этому запросу сайт занимает первые места во всех поисковиках
кроме... Yandex.. "Как грустно... "- скажете вы и будете абсолютно
правы. А причина кроется именно в обратных ссылках. Напоминаю, мы
рассматриваем Yandex. Над сайтом до нашего вмешательства была
проведена большая работа (нельзя сказать, что очень хорошая). Было
поставлено много ссылок с каталогов с одинаковым содержанием текста
ссылки (организация свадеб) - эти ссылки были однотипными; также на
главную страницу было проставлено много ссылок, в текстах которых было
большое количество разнообразных запросов (даже которые не упоминались
на главной странице).

И что в итоге происходит: ссылочное ранжирование на главной странице
"размывается" - в целом не релевантно основному запросу. Большое
количество однотипных и похожих ссылок, проходя через большое
количество фильтров yandex имеют нулевой или отрицательный результат.
В итоге указанный запрос (или многие другие на главную страницу) не
могут набрать положительный вес в ссылочном ранжировании и остаются за
пределами первых страниц. Как я писал, это один из примеров из
реальной практики. Принять решение о переводе основного запроса с
главной на внутреннею, поверьте, весьма непростое дело . Были
вначале исследованы все возможные причины "зависания" запроса за
пределами топа (что и категорически вам советую, если вы ещё со мной
не работаете)

Какие возникли при таком переезде проблемы:

1 Приходится продвигать по желаемому запросу абсолютно новую страницу
с нуля! Это того стоит

2 Yandex считает что наиболее релевантна страница главная по желаемому
запросу и, соответственно, её выдаёт в СЕРПе, а нам его нужно
переубедить.

Для этого убираем все возможные ссылки на главную страницу с запросом
который мы переводим. Но у нас наверняка ещё остаётся упоминание
запроса в тексте главной страницы (как я писал ранее наличие там этого
запроса подходит по смыслу и содержанию), портить текст и содержание
страницы, вырезая с документа эти слова-запросы конечно не нужно.
Делается проще: заменяется одна русская буква из слова-запроса на
аналогично пишущуюся английскую, - в итоге поисковый робот не находит
этого слова-запроса на главной странице, а для читателя визуально
ничего не изменилось.

Далее только продвижение новой страницы, а это уже дело техники.

Пример #2.
Давно работаю с клиентами имеющие сайт по продажам "спортивных
тренажеров" в Москве (кстати, цены соблазнительные - могу адрес дать
). Из-за особенностей движка главной страницей приходилось
продвигать сразу несколько основных запросов. Из-за чего в итоге
пришлось перегрузить информацией главную страницу и немного
перегрузить по ссылочному. Эффект от работы был хорошим - запросы были
в топ10 yandex, но мне это не нравилось, так как позиции были не
твёрдые и периодически приходилось возвращать их в топ, также я знал
что в этой тематике и такой конкуренции можно выжать со временем
больше. Клиенты попались на редкость замечательными, вникли и стали
делать новый сайт (занимался разработкой специалист клиента) под моими
рекомендациями и советами. На выходе получился простой сайт с админкой
замечательной логичной структурой и хорошо управляемый. Каждой
странице сайта соответствуют один-три запроса (в том числе и главной
странице). То есть практически на каждый запрос своя оптимизированная
страница. Эффект от работы с таким сайтом был очень быстрым и
многообещающим. Сейчас новый сайт по многим параметрам превосходит
старый над которым работали гораздо больше.

Общий итог: при продвижении сайтов бывают такие ситуации, когда лучше
перевести запрос с главной страницы на внутреннею для достижения
лучшего результата.

Минусы:

Продвижение большого количества запросов внутренними страницами
может быть затратно в материальном плане.

Перевод с главной на внутреннею страницу высококонкурентного запроса
и достижение хорошего эффекта может занять два-три месяца.

Плюсы:

Достигается больший эффект в поисковых системах - более высокие
позиции.

Также огромным плюсом является то, что пользователь попадает с
Yandex сразу на внутреннею страницу сайта, то есть на ту, которая
наиболее релеванта его запросу.

Внимание: прежде чем переводить все неудачные запросы с главной на
внутреннею, убедитесь что это правильное решение, а лучше обратитесь к
профессионалам.