Главный герой игры — лысый клон, киллер позывной которого «47», который был создан выдающимся ученым-генетиком доктором Орт-Мейером, в подвале психиатрической больницы, где он работал. Для проверки возможностей 47-го действовать в реальной среде, Орт-Мейер инсценирует его побег из больницы. Спустя год 47-й начинает работать на таинственное Агентство, которое предлагает услуги профессиональных киллеров по всему миру.