Цель игры – выполнить задание карты или уничтожить противника. За выполненные задания и уничтоженных противников игрок получает деньги, которые может потратить на покупку оружия, боеприпасов и снаряжения (проигравшая команда также получает деньги, но существенно меньше).
Как и в оригинальной версии игры, в Counter-Strike: Sourcе друг другу противостоят команда контр-террористов (CT, спецназа) и команда террористов (Т) в серии раундов. Каждый раунд выигрывается посредством выполнения определённой миссии (такой как подрыв бомбы или спасение заложников), либо после уничтожения всех членов вражеской команды.