Программа перезагружает компьютер, и после запуска системы загружается только файл defrag.exe. Благодаря этому, во время дефрагментации система загружена минимально, и процесс проходит быстрее. SpeeDefrag также может выполнить перезагрузку или выключить компьютер, когда дефрагментация будет завершена. Кроме этого, программа поддерживает выполнение дефрагментации по расписанию.